ועדה קבועה זו, המונה שלושה חברים, עוסקת בביקורת שוטפת של פעילות האגודה והועד הארצי, כמתחייב מחוק העמותות. תפקידיה מעוגנים בתקנון האגודה (סעיף 17). ועדת הביקורת הראשונה נבחרה באסיפה הכללית בשנת 2020, וחבריה הם:
מועצה זו הינה גוף וולונטרי הממונה ביוזמת הועד הארצי, ומונה שלושה עד חמישה חברי אגודה בעלי ותק, ניסיון עשיר ומעמד בכיר בקהילה הארכיאולוגית הישראלית. תפקיד המועצה הינה לייעץ לועד הארצי בכל תחומי עשייתו. המועצה הראשונה מונתה לקראת האסיפה הכללית בשנת 2020, וחבריה הם:
ועדת המדיה היא ועדת המשנה הראשונה שקמה, ותפקידיה הם לרכז את הפעילות הנוגעת לפעילות האגודה במרחב המקוון, לרבות יצירת תוכן ועיצוב לאתר האינטרנט ולרשתות חברתיות. חברי הועדה הם:
יולי גחט
אלה רבינוביץ'
רועי אלבג
יעל רותם
אבי משיח
לפניות לועדת המדיה: ilaa.media.committee@gmail.com
ועדת האתיקה, המונה חמישה חברים, אחראית על פיתוח והטמעת הקוד האתי בקהילה הארכיאולוגית. תפקידי הועדה הינם לנסח עמדות בסוגיות אתיות שעולות בקהילה הארכיאולוגית בישראל ולהוות כתובת לבירור סוגיות אתיות העולות מקרב חברות וחברי האגודה. הועדה, הפעילה משנת 2022, מונה את החברים:
יניר מילבסקי (יו"ר)
סטיב רוזן
דני שיאון
ג'וליה רוקבלה
עידו קוך