בתקופות הביזנטית והאיסלמית הקדומה שימשה ניצנה שבנגב כמרכז חשוב בדרך הצליינים ונקודת חיבור בין ארץ הקודש לסיני. למרות החפירה האינטנסיבית שנערכה בעבר באתר על ידי שתי משלחות ארכיאולוגיות, התוכנית של העיר התחתית בניצנה, על אזוריה הציבוריים, שווקיה ורחובותיה בתקופה הביזנטית והאיסלמית הקדומה, נותרה עדיין עלומה מבחינה ארכיאולוגית. לצליינות היה תפקיד מרכזי בחיי הישוב, עניין המשתקף בבירור בעדויות הפפירוסים של ניצנה, שנתגלו באתר בשנות ה-30. פרויקט החפירה הנוכחי שהחל בקייץ 2022, מתנהל בחלק התחתי של ניצנה, בגדה המזרחית של נחל עזוז, ומתוכנן לארבע עד חמש עונות חפירה. בעונה הבאה בחודש פברואר הקרוב נחפור את מכלול המפולות בקרבת הכנסייה החדשה, הששית במספר שנתגלתה בישוב.